杭州五舟国际专家远程会诊中心的软件系统是由杭州五舟公司自行研发的一套可用于实时传输医疗材料的先进系统。

该系统依照美国HIPAA法案（隐私条例），对患者的隐私进行有效保护，医生对于患者的病历只能在线浏览，不能下载，除了进行会诊的医生外，其他医生均不可查阅，有效的保护了患者的隐私。该系统除了能传输电子版病例外，还能传送语音、视频、图片等，让会诊医生能从全方位了解患者的病情。